Koska Drupal sisältää paljon toimintoja, se on jaettu osiin joita kutsutaan moduuleiksi. Moduuleja ovat mm. kommentointi, käyttäjäprofiilit ja foorumit. Tarpeettomat moduulit voi kytkeä pois päältä, jolloin niiden toimintoja ei enää näytetä. Drupaliin voi myös asentaa muiden kehittämiä lisämoduuleja, jotka tuovat uusia toimintoja. Ydin ja lisämoduulit Drupalin mukana toimitetaan joukko keskeisiä moduuleja, jotka kattavat suuren osan perustarpeista. Näitä mukana tulevia moduuleja kutsutaan yhdessä Drupalin ytimeksi (engl. core). Osa ydinmoduuleista on pakollisia, kuten käyttäjien tunnistaminen. Osa taas on valinnaisia, eivätkä kaikki moduulit ole oletuksena päällä. Esimerkiksi foorumit eivät ole käytössä perusasennuksessa, mutta ne voi kytkeä päälle moduulien ylläpitosivulta. Drupalin laajennusmoduuleista on suoranainen runsaudenpula. Pelkästään Drupal.org-sivustolta löytyy sadoittain moduuleja ladattavaksi. Ongelmana on, etteivät kaikki moduulit ole järin korkeatasoisia eivätkä toimi kaikissa Drupalin versioissa. Suunnitteilla on ollut moduulien arvostelujärjestelmä, mutta tätä ei olla saatu käyttöön. Osa moduuleista on niin laajasti käytössä, että ne voi lähes kuulua perusasennukseen kuuluviksi. Näitä ovat mm. CCK omien kenttien luomiseen, ja Views jolla luodaan listauksia kirjoituksista.